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MALBAC 單細(xì)胞起始的DNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建試劑盒

更新時(shí)間:2020-11-10瀏覽:2455次

 
單細(xì)胞起始的DNA測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建
PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit
· 高重現(xiàn)性和準(zhǔn)確性:可用于CNV、SNV和非整倍體檢測(cè)
· 在SNV和CNV檢測(cè)方面優(yōu)于MDA技術(shù)
· 三小時(shí)的工作流程,手動(dòng)操作時(shí)間不到30分鐘
· 均勻的高覆蓋率,低的等位基因插入率和脫扣率
 
■ 應(yīng)用:
適用于以下細(xì)胞類(lèi)型的文庫(kù)制備:
· 癌癥研究:循環(huán)腫瘤細(xì)胞(CTC),激光捕獲顯微切割(LCM)細(xì)胞或DNA,
   以及細(xì)針抽吸(FNA)細(xì)胞;
· 生殖健康研究:胚胎細(xì)胞和循環(huán)胎兒細(xì)胞;
· 發(fā)育生物學(xué):胚胎細(xì)胞,干細(xì)胞和稀有細(xì)胞;
· 宏基因組學(xué)和微生物學(xué):微生物細(xì)胞,微生物組和環(huán)境樣品。
 
■ 產(chǎn)品說(shuō)明:
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit (PicoPLEX Gold) 是一種旨在從單細(xì)胞中生成高質(zhì)量的DNA文庫(kù),以便在Illumina平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序的試劑盒。該試劑盒基于PicoPLEX技術(shù),優(yōu)化用于檢測(cè)拷貝數(shù)變異 (CNVs)、單核苷酸變異 (SNVs)、插入缺失 (indels) 和結(jié)構(gòu)變異 (SV)。PicoPLEX Gold kit在SNV檢測(cè)中表現(xiàn)出比MDA技術(shù)更好的性能。 
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit不包含index。兼容的 Index如下所述,需要單獨(dú)購(gòu)買(mǎi)。
PicoPLEX WGA是一種被廣泛用于檢測(cè)單細(xì)胞中CNV的全基因組擴(kuò)增(WGA)技術(shù)。初,PicoPLEX技術(shù)主要用于高再現(xiàn)性的檢測(cè)非整倍體異倍性和CNV。為了滿(mǎn)足準(zhǔn)確檢測(cè)SNV的需求,對(duì)PicoPLEX WGA技術(shù)中的酶、引物和protocols進(jìn)行了進(jìn)一步優(yōu)化,不僅提升了擴(kuò)增的覆蓋度、一致性、準(zhǔn)確性,同時(shí)提高了CNV、SNV、Indel和其他SV的分辨率,并且保持了高重現(xiàn)性。
PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit可以固定細(xì)胞或非固定細(xì)胞起始,只需簡(jiǎn)單的4步操作流程,即可在3小時(shí)內(nèi)完成Illumina NGS文庫(kù)的構(gòu)建,且手動(dòng)操作時(shí)間非常短。
 
DNA HT dual index kits
DNA HT dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒。這些試劑盒包含Illumina Nextera® XT v2 index序列對(duì)應(yīng)的index引物,多可提供384種不同的雙端index,用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分。其中index引物預(yù)先分裝在4個(gè)的不同條形碼標(biāo)記的index微孔板中,每個(gè)微孔板可提供不同的96種index組合 (Code No.R400660-R400663),index微孔板(96N Sets A-D)的每個(gè)孔提供的量足夠進(jìn)行一次測(cè)序反應(yīng);另一種是一套中有24個(gè)單獨(dú)的反應(yīng)管,每個(gè)反應(yīng)管中包含不同的雙端index組合(Code No.R400664),且每個(gè)反應(yīng)管(24N)提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng)。
 
DNA unique dual index kits
DNA unique dual index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒。這些試劑盒包含“IDT for Illumina UD”對(duì)應(yīng)的index引物,多可提供96種不同雙端index,用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的4組各24個(gè)單獨(dú)的管中,其中每組可提供24種不同index引物組合(Code No.R400665-R400668)。每個(gè)index引物管(24U Sets A-D)提供的量足夠進(jìn)行兩次測(cè)序反應(yīng)。
 
DNA single index kits
DNA single index kits是與 ThruPLEX或 PicoPLEX文庫(kù)制備試劑盒搭配使用,用以構(gòu)建Illumina測(cè)序文庫(kù)的index引物試劑盒。這些試劑盒包含與“TruSeq LT set A”序列對(duì)應(yīng)的index引物,可提供24種單端index,用于樣本混合測(cè)序時(shí)的區(qū)分。index引物預(yù)先分裝在不同的2組各12個(gè)單獨(dú)的管中,其中每組可提供12種不同index引物組合(Code No.R400695和R400697)。每個(gè)index引物管(12U Sets A-B)提供的量足夠進(jìn)行8次測(cè)序反應(yīng)。
 
圖1. PicoPLEX Gold Single Cell DNA-Seq Kit技術(shù)。
PicoPLEX Gold的技術(shù)概要。通過(guò)step1裂解細(xì)胞獲得gDNA,通過(guò)隨機(jī)引物進(jìn)行預(yù)擴(kuò)增 (step 2),然后進(jìn)行指數(shù)擴(kuò)增得到測(cè)序文庫(kù)(step 4)。
 
圖2. PicoPLEX Gold的主要特點(diǎn):高覆蓋度,高均勻性,和高重現(xiàn)性 (與A產(chǎn)品技術(shù)相比)。
Panel A. 圖中顯示在不同深度的測(cè)序中覆蓋的堿基數(shù) (~35M read pairs,PE 2 × 150 bp) 。PicoPLEX Gold在較低深度的覆蓋度與A產(chǎn)品 (MDA) 相似,在較高深度的覆蓋度高于A產(chǎn)品(MDA)。
Panel B. 以gDNA樣本 (NA12878) 和單細(xì)胞樣本 (GM12878) 起始,使用PicoPLEX Gold和A產(chǎn)品進(jìn)行全基因組擴(kuò)增。相比較于MDA,PicoPLEX Gold顯示出更均勻的覆蓋度。
Panel C. 評(píng)估覆蓋度的重現(xiàn)性。與A產(chǎn)品 (右) 相比,PicoPLEX Gold (左) 的在兩個(gè)單細(xì)胞群之間的一致性明顯更好。
 

圖3. 使用PicoPLEX Gold進(jìn)行高質(zhì)量單核苷酸變異(SNV)檢測(cè)。
Panel A. 以單細(xì)胞(1c),5個(gè)細(xì)胞(5c)或15 pg的 NA12878 gDNA起始,比較A產(chǎn)品(MDA),PicoPLEX Gold(PP Gold)和 PicoPLEX WGA(PP WGA)這3個(gè)試劑盒之間的SNV檢測(cè)率。其中1個(gè)和5個(gè)細(xì)胞的測(cè)序深度為35M read pairs, gDNA樣品深度為40M read pairs。PicoPLEX Gold(藍(lán)色)有高的保真度和覆蓋度,與A產(chǎn)品(灰色)和PicoPLEX WGA(紫色)相比,可以高質(zhì)量的檢測(cè)更多的SNV(2-9倍),具有明顯的優(yōu)勢(shì)。
Panel B. PicoPLEX Gold(藍(lán)色)的B等位基因頻率的對(duì)稱(chēng)分布,以0.5為中心,展示兩個(gè)等位基因的平衡情況。與A產(chǎn)品(MDA)相比,PicoPLEX具有更好的等位基因平衡(灰色)。
Panel C. PicoPLEX Gold的無(wú)偏擴(kuò)增, 在測(cè)試的所有單細(xì)胞文庫(kù)制備的技術(shù)中,表現(xiàn)出等位基因脫扣率(假陰性)。
Panel D. PicoPLEX Gold試劑盒中的聚合酶具有高保真度(藍(lán)色),使得等位基因插入率與A產(chǎn)品(灰色)相當(dāng),且顯著低于PicoPLEX WGA(紫色)。

 產(chǎn)品訂購(gòu)信息:

 

 

產(chǎn)品編號(hào)

產(chǎn)品名稱(chēng)

單位

R300669

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit

 24

R300670

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-seq Kit

96

R300698

SMARTer® PicoPLEX® Gold Single Cell DNA-Seq Kit

384

 上海華雅思創(chuàng)生物科技有限公司主營(yíng):生物技術(shù)產(chǎn)品的銷(xiāo)售與技術(shù)服務(wù)、生物新技術(shù)新產(chǎn)品展示、生命科學(xué)領(lǐng)域項(xiàng)目合作服務(wù)、品牌策劃與品牌形象廣告宣傳、生物醫(yī)藥行業(yè)人才咨詢(xún)服務(wù)、生物醫(yī)藥行業(yè)管理咨詢(xún)服務(wù)。以“傳遞科學(xué)價(jià)值,服務(wù)科學(xué)研究”為宗旨,經(jīng)過(guò)近十年的努力,上海華雅思創(chuàng)生物科技有限公司在全中國(guó)代理的干細(xì)胞產(chǎn)品已經(jīng)成功銷(xiāo)往:上海市、北京市、重慶市、天津市、廣東省的廣州市、深圳市、珠海市、江西省的南昌市、四川省的成都市、綿陽(yáng)、浙江省的杭州市、寧波、溫州、江蘇省的南京市、蘇州、無(wú)錫、泰州、湖南省的長(zhǎng)沙、陜西省的西安市、楊凌、甘肅省的蘭州、寧夏的銀川、新疆的烏魯木齊、廣西的南寧市、山東省的濟(jì)南、青島、東北三省 遼寧省的沈陽(yáng)市、大連市、吉林省的長(zhǎng)春市、黑龍江省的哈爾濱市、海南省三亞等中國(guó)絕大部分省市和自治區(qū)。

 

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